¿Qué sucede si he estado trabajando para dos compañías y ambas acreditan el salario y la cantidad de PF? ¿Es legal en India?

Si eres director, entonces no es ilegal. Uno puede ser Director de hasta 20 empresas a la vez.
Pero debe asegurarse de que su contrato con las compañías no le prohíba trabajar para la otra (hay muchos casos de conflicto de intereses, tenga cuidado con eso).
Por ejemplo, supongo que los directores de Coca-Cola tienen expresamente prohibido trabajar con Pepsico. Pero Cyrus Mistry fue en gran medida director de muchas compañías bajo Tata (sí, es el mismo conglomerado pero todavía son tratadas como compañías diferentes)

Si eres un empleado, lo más probable es que sea un problema; Los contratos de trabajo casi siempre prohíben trabajar con cualquier otra empresa.
De hecho, si está en una empresa / empresa de auditoría, es posible que ni siquiera le permitan invertir en otras compañías, mucho menos que sean empleadas por ellas.
Regrese a su contrato de trabajo que se emitió cuando lo seleccionaron para trabajar para ellos. Léalo detenidamente y actúe en consecuencia.
Si se trata de un incumplimiento de contrato por su parte, definitivamente perderá su trabajo e incluso podría ser demandado.

Espero que esto ayude.

No sé acerca de los empleados inferiores, pero los Directores pueden trabajar en más de una compañía como Director y ganar emolumentos de todos ellos.

Según la sección 165 de la Ley de Sociedades de 2013, en hasta 20 empresas, una persona puede convertirse en Director al mismo tiempo.